Command: fasttree -close 0.75 -mllen -refresh 0.8 -fastest -2nd -topm 10 -slownni -mlacc 2 -nome -log logfile.txt -noml -mlnni 6 -sprlength 10 -nocat -wag -gamma -boot 78 -bionj infile FastTree Version 2.1.7 SSE3, OpenMP (1 threads) Alignment: infile Amino acid distances: BLOSUM45 Joins: weighted Support: SH-like 78 Search: Fastest+2nd (no NNI) (no SPR) +ML-NNI (6 rounds) opt-each=2 TopHits: 10.00*sqrtN close=0.75 refresh=0.50 ML Model: Whelan-And-Goldman, No rate variation across sites Read 250 sequences, 469 positions NJ 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