#nexus
[!
This file was obtained by editing Laura Kubatko's 'data_snakes.phy'
(which already contained Nexus elements below the data matrix, but
was a relaxed Phylip file at the top.
]
begin data;
	dimensions ntax=52 nchar=8466;
	format datatype=dna gap=-;
	matrix
ac1OUTG1    ATGCCACAGCTAGACATCGTACACATCCTCACTATTTACATGTGAACCTGAGTAACCCTTACCTTAATTACACTAAAAATTAAAAATCTCACATTAACTGCCAAACCAAAAAAACAGCCCCAACTAACCTCCAAACAAACAACACTACCCACACCATGAACATAAACATATTCGAACAATTCATAAGCCCAGAGCTCGCCCTCCTCCCAACAGCACCCCTATCAATTCTAATTCCTCTTTTCCTGATCCACCACAAACCTACACTTTTAGGAAACCGTATAACAACCGCCATCACTTGATTCCTGAAAATATTTATATTGAACATGACAAATCAACTTACCCCAAAAGGACAAAAATGATCCCCCCTATTAGCCAGCCTTATCCTCATTATTCTACTGTCCAACCTCCTAAGTCTTCTACCATATACCTTCACACCAACCTCCCAACTATCAATAAACATAGCCCTAGCCCTTCCCCTCTGACTAGCCACCATTATCACCGGCCTAAAAAACAAGTTTTCCCTAGCACTAGCCCACCTACTCCCAGAAGGCTCCCCAACCCCCCTAATCCCATTTATGATCTTAATTGAAACAGTTAGCCTACTAATACGACCTATCGCACTAGGAGTGCGACTCACAGCAAATATCACTGCCGGACATCTCCTTATGATCTAGATGGGAGGAGAGAGAGAGAG--CCGTGAAGATCTTGGCCAACAGAAGGCCCCATCAACACCATGCGCAGAAAACACCACTGAAAAAATCTAACACATGCTGGACAGATACAAACCTTAATTGCAGGTGTTAAGGCAAGCCACACCCTTTCCGTAGTGGGCAAA-TTTCAGTTTTACAATTTTAAGAAAACATGAT?????TTTATTTGAAAGAGCAGATAAAAACCTTTCCAGATCCAGCAAGAGAAGATTCAGATCAGAAAAGAAAATCCTGCAGAGCTGGGGGAATAAAAGGAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAAA-GATGAACAAAGAGAATGAAAAGATTGCAAAGTATCCTTTTGGTAGGCAGGAGAAGAAAACAAAAAAGTATAGAGGCGAAATGCTGGGCAGGTTTGCAAGGGACCACACACAAATACACACCTGAGTCATCTTCTCTCTGTTGGCCTTGGGGTTCAGGGGGGCTTCTGTCAACAACACGGGATGCTCTTCCGGGGCGACTTCCTTACTGAGTGAGCACCCATCGAAAGCAGGCAAAGCACTGAGAACAATTTACTTGCAGAAATCTGTTTCCTGTCACATAAACATATTCTCTCATAGAATTCAAGCAATGATTCCCCAATCCAGCAAACCATCACTTGTACTGTTTCACAGCACTCAAGAACCTGAGGGCTGGGGCTGATGGGAGCAGGAGCATAATACTTCATGATGTTGCAGTATGTACTTCTTGACTTACAACCGCAATTGGGACTGGAACCTCTGTTGCTAAATTAAGCAGTTGGTAAATAAGACGTGGCCAATTTTACAACTTTTTTCCCCCATGGTTTTTAAGTGAATCACCCCAGTTGTTAAGTCAACCATACAGTTGTTTGAATGAAGCACACCGTTATTAAGTGAATCTGGCTTTCTCCATTGACTTTGCCAGTCAGAGCATAATATAACTAAAATCAATCAATCCGAATAAAGCTGGAAGAGACATTAGAGGTCCTCTAGTACAGCCCCCTGCTCAAGCAGGAGAACCTATACCATTTCAGATAAGTAACTGTCTAGTCCAGACATGTCAAACTCGCAACGTCACGCACGCACAAACTCGCAACTCGTGACGTCACGCAACGTATCGGAGCTTTTTTGCCATTGCCAGCAATGGGGTGAGCGCAGCTCTGGTATGAGGAAACCAGCCCGCATTTTGTCAAGCTGATCTCCTGGTAAGAGATGAAAAGGGGTAGATGATGGCTGTTAGTTGGGCTTATTGGATTTGGGAAGAGATGG-AGGTGCAACCTTTACTATTCTGCAGAATAGCAGAGGTGGGAGTATGTGGCAGCAAGAAATGGCTTCATGCTGCTCTTTTTACTGCTGCTATCTTTTCC--------AAAAGAAACTTTTCTTTCCTAGGTATGATAATGAATATGGATACAGCAACCGTGTTGTGGACTTGAGTGGCGGCGTTTGGTCTCGCGGAGCTCCTGTGGACAGCGGGGCAGCGGGTGAGCAGGGCATCCCAGGACTGGCAAGAAGGMACAACTCCCCCCAACCGTGACCTGCCCCCTCCAGCCCCAACCCACTGCCCCCGTGATCCAGCAGCCCCAGCTCCTCTGTGGGGAGATGTGGGGAGAAAAGGCCGCCCAGTGCATGAATTGGGCTGACTGCCTGTCCCAAGGCAGGGTGGCGAGTTCCGTCTCCCAGCCCATGGAGACCGACTCTCTGTGGTTTAGGTTCTGGTGATTACGATGGTTCTGTAGTTACTGAAATGGCGTGAAACGTGAAGCGTAAAGTTC?????CTTTTTTCTCGCTGTGTCTGTTTTCTAACTTTTGTTTTTTCTGTATTTTTATTTTACAATGAAACTTAATAATAAAATTTATTTTAGAAAAGGAA----TTTACTCTCTCTAGGGCCGATGGGTGGGTGTTTTATGGAGGGGGACCCAAATTCAAGGAGGAATTCCTGGCTATGAGAGCTATGAAACAACAGAGTCACTTTTCAAGCCAAGGCGGTGTCGGATTCCTACCCTAAAGGGGTTGGACTAGGTGACTTCTAAGGGACCCTTCTGCATTCTGGGACTCACCTCGCTGTAGATGTTCTTCTGGAAGTCCAGCTCCTCCTTCAGGGTCTGCAGCCTATTTACTGTAGACACAATATTCCTAGAGAGAATTTGCAGATATATTAGGTAATCTTAAAAGCTTCAAATAAAGCCAACCTAGATCAACCCTGACTGCTCTTTAGAAGGCCAGATCCTGAAGTTGAAACTCAATTACTTTGGCCACCTAATGAGAAGGAAGGACTCACTGGAGAAGAGCCTAATGCTGGGAAAGATTGAGGGCAATAGAAGAAGGGGACGACAGAGAA-TGAGGTGGCTGGATGGAGTCACTGAAGCAGTAGGCTTGAGCTTAAATGGACTCCAGAAGATGGTAGAGGACAGGAAGGCCTGGAGGAACGTCGTCCATGGGGTCGAGATGGGTCAGACATGACTTCGCAACTAACAA---CACCAAAAACT-ATTACAACAGTAACTATGTGAGCACTAGTTACAAGCCACAATACCCGTCAAAATCTAAACTAAAAAAACTCAGAGACATCAAATAAATTTTAAACAACTGAAAGAAAGTATTTTTAAATCCAACTTAATGCATTGGCGTTCTGAATAAATGCCTGCAAAGAACCTGTTTT?????GCCAAGCATTCAACATAGCAACATATGCTACTGAAACACAGCCATTTGACAGCATGAACTCAGAACGCAGGTTGCCCACCTTGCTCTAAAAAAATAGCAATATAAAATTCCCTCTTAAAAAGTACCATCATT-AAAAGTACAGGATCTGTGAGCAGAGGAGAACCTGCACTTACTGGAGCTGCGGTACAATCCCGGAGCTTTCGGAAGCAGGGGTGGCAGGCGTTATAGGAGTCATGGGAGCTCGTGTCCAGAACATGAAAAGACCCCCAAACTGGGTGTCCCCAGGCAACGGTGGTATCCCTGCTAATTCCTTCAACCCGGAAGCACCTCGGTGCTTCTGAGATGAGCACAGTGCAACGGTAGCACRGTCAAGCTTTGAGAAGAAAAGTTGGTGGCTA-TTGCAGTCTAGGGCAGAGGTCTCCAAACTTGGCAATTTAAGGACTTGTGGACTTCAACTCCCAGAATTCCTCAGCCAGCCTCATCCCACCGGGGAATTCTGGGAGTTG-AAGTCCAGAAAGTTTTCAAAGTTTGGGGGGATGTGAGCTCAGATGACATCAAGCCAGGAATCTCATGAAGCTGCTCACACACAATATCATCACAACAGCTGGAGAGTCAGATGATAAGACACCATTTCCAAGCCCTCAAACTTTGCTACTAGAGAGAAGAGCAGAATAAAGAAGCTCAATGAGGCTCCTTCCCAAGCAAGGGAGGAACTAACTTAATTAAAGTTAGCTGACTGCAGCCTGATTTAAGATGCCACTTTTTTGTTTTGCTCTTAAGTTGATCGACGGTCTGCTTGAGACAACTGTGCTGCTCTTTCATCCGTTGTTTGTCTCTTGAATTCCTGGGTCTGAAGGTCAAAGGCATCTCTCAGCTGCTTAACCTGAAGATGGAGACCATCACTGGCCGCCGAGAGATAGCCCAGGGATATTCACTGTAGGGCCGTTTTTTCCCTGTTGCTGACCTGTCTGAAGAAATGGAGAGACACAGTCACATCCTCCCTCCGTTCAGGGGCCTTCTGATTGGGC-AATTGTGAACCTCCTGGCCTGTGACTTTTGATAGTTCTGACTTTACTAACCCAGATTTAAGGAAAAGTAAAGGATAATAGTAACTGGGTTTTCCCGCAACAACACAACAGATATCCACACAAATTTTGTATCGTAAAAGTTTTGTTGCTTTCCCCCCAGTCATCACAATGATGAGCTTTTAATCTGTATTTTAGTAAGTGCTAAATACACATAAACTCACATCAAGTTCTTGCTTAGATTCAACAATTTCAAACAAAAGTCTTTTAATCAGTGTAGTCAGTTTTGCCATCTCAGCGAATTCTATCAAATTCACTATCTTTCAATGCAGGAATTTGTAAGACTTTCCATCTGTGTTCATGCGAAAGTCTCGCTGCTGTTGTCATATAAGGAAACAAAATCCCATGTTTTCTTTCAATCTATTCATCTGTCAAGCCTAATTTTACTCAAAGCACAAAATAAATGTTGCAAGATTGGTGTTGCTTTTTTAAAAGGAAGTATGCACTAATGCTCTGAAATATAATCTGCAAACTATGTTTAGAAGGTCAAGCAACTGGCACAACTAGTGAGGAATTCCAATTATCTCTCACTTACTTAACCCC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ac1OUTG2    ATGCCACAGCTAGACATCGTACACATCCTCACTATTTACATGTGAACCTGAGTAACCCTTACCTTAATTACACTAAAAATTAAAAATCTCACATTAACTGCCAAACCAAAAAAACAGCCCCAACTAACCTCCAAACAAACAACACTACCCACACCATGAACATAAACATATTCGAACAATTCATAAGCCCAGAGCTCGCCCTCCTCCCAACAGCACCCCTATCAATTCTAATTCCTCTTTTCCTGATCCACCACAAACCTACACTTTTAGGAAACCGTATAACAACCGCCATCACTTGATTCCTGAAAATATTTATATTGAACATGACAAATCAACTTACCCCAAAAGGACAAAAATGATCCCCCCTATTAGCCAGCCTTATCCTCATTATTCTACTGTCCAACCTCCTAAGTCTTCTACCATATACCTTCACACCAACCTCCCAACTATCAATAAACATAGCCCTAGCCCTTCCCCTCTGACTAGCCACCATTATCACCGGCCTAAAAAACAAGTTTTCCCTAGCACTAGCCCACCTACTCCCAGAAGGCTCCCCAACCCCCCTAATCCCATTTATGATCTTAATTGAAACAGTTAGCCTACTAATACGACCTATCGCACTAGGAGTGCGACTCACAGCAAATATCACTGCCGGACATCTCCTTATGATCTAGATGGGAGGAGAGAGAGAGAG--CCGTGAAGATCTTGGCCAACAGAAGGCCCCATCAACACCATGCGCAGAAAACACCACTGAAAAAATCTAACACATGCTGGACAGATACAAACCTTAATTGCAGGTGTTAAGGCAAGCCACACCCTTTCCGTAGTGGGCAAA-TTTCAGTTTTACAATTTTAAGAAAACATGAT?????TTTATTTGAAAGAGCAGATAAAAACCTTTCCAGATCCAGCAAGAGAAGATTCAGATCAGAAAAGAAAATCCTGCAGAGCTGGGGGAATAAAAGGAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAAA-GATGAACAAAGAGAATGAAAAGATTGCAAAGTATCCTTTTGGTAGGCAGGAGAAGAAAACAAAAAAGTATAGAGGCGAAATGCTGGGCAGGTTTGCAAGGGACCACACACAAATACACACCTGAGTCATCTTCTCTCTGTTGGCCTTGGGGTTCAGGGGGGCTTCTGTCAACAACACGGGATGCTCTTCCGGGGCGACTTCCTTACTGAGTGAGCACCCATCGAAAGCAGGCAAAGCACTGAGAACAATTTACTTGCAGAAATCTGTTTCCTGTCACATAAACATATTCTCTCATAGAATTCAAGCAATGATTCCCCAATCCAGCAAACCATCACTTGTACTGTTTCACAGCACTCAAGAACCTGAGGGCTGGGGCTGATGGGAGCAGGAGCATAATACTTCATGATGTTGCAGTATGTACTTCTTGACTTACAACCGCAATTGGGACTGGAACCTCTGTTGCTAAATTAAGCAGTTGGTAAATAAGACGTGGCCAATTTTACAACTTTTTTCCCCCATGGTTTTTAAGTGAATCACCCCAGTTGTTAAGTCAACCATACAGTTGTTTGAATGAAGCACACCGTTATTAAGTGAATCTGGCTTTCTCCATTGACTTTGCCAGTCAGAGCATAATATAACTAAAATCAATCAATCCGAATAAAGCTGGAAGAGACATTAGAGGTCCTCTAGTACAGCCCCCTGCTCAAGCAGGAGAACCTATACCATTTCAGATAAGTAACTGTCTAGTCCAGACATGTCAAACTCGCAACGTCACGCACGCACAAACTCGCAACTCGTGACGTCACGCAACGTATCGGAGCTTTTTTGCCATTGCCAGCAATGGGGTGGGCGCAGCTCTGGTATGAGGAAACCAGCCCGCATTTTGTCAAGCTGATCTCCTGGTAAGAGATGAAAAGGGGTAGATGATGGCTGTTAGTTGGGCTTATTGGATTTGGGAAGAGATGG-AGGTGCAACCTTTACTATTCTGCAGAATAGCAGAGGTGGGAGTATGTGGCGGCAAGAAATGGCTTCATGCTGCTCTTTTTACTGCTGCTATCTTTTCC--------AAAAGAAACTTTTCTTTCCTAGGTATGATAATGAATATGGATACAGCAACCGTGTTGTGGACTTGAGTGGCGGCGTTTGGTCTCGCGGAGCTCCTGTGGACAGCGGGGCAGCGGGTGAGCAGGGCATCCCAGGACTGGCAAGAAGGMACAACTCCCCCCAACCGTGACCTGCCCCCTCCAGCCCCAACCCACTGCCCCCGTGATCCAGCAGCCCCAGCTCCTCTGTGGGGAGATGTGGGGAGAAAAGGCCGCCCAGTGCATGAATTGGGCTGACTGCCTGTCCCAAGGCAGGGTGGCGAGTTCCGTCTCCCAGCCCATGGAGACCGACTCTCTGTGGTTTAGGTTCTGGTGATTACGATGGTTCTGTAGTTACTGAAATGGCGTGAAACGTGAAGCGTAAAGTTC?????CTTTTTTCTCGCTGTGTCTGTTTTCTAACTTTTGTTTTTTCTGTATTTTTATTTTACAATGAAACTTAATAATAAAATTTATTTTAGAAAAGGAA----TTTACTCTCTCTAGGGCCGATGGGTGGGTGTTTTATGGAGGGGGACCCAAATTCAAGGAGGAATTCCTGGCTATGAGAGCTATGAAACAGCAGAGTCACTTTTCAAGCCAAGGCGGTGTCGGATTCCTACCCTAAAGGGGTTGGACTAGGTGACTTCTAAGGGACCCTTCTGCATTCTGGGACTCACCTCGCTGTAGATGTTCTTCTGGAAGTCCAGCTCCTCCTTCAGGGTCTGCAGCCTATTTACTGTAGACACAATATTCCTAGAGAGAATTTGCAGATATATTAGGTAATCTTAAAAGCTTCAAATAAAGCCAACCTAGATCAACCCTGACTGCTCTTTAGAAGGCCAGATCCTGAAGTTGAAACTCAATTACTTTGGCCACCTAATGAGAAGGAAGGACTCACTGGAGAAGAGCCTAATGCTGGGAAAGATTGAGGGCAATAGAAGAAGGGGACGACAGAGAA-TGAGGTGGCTGGATGGAGTCACTGAAGCAGTAGGCTTGAGCTTAAATGGACTCCAGAAGATGGTAGAGGACAGGAAGGCCTGGAGGAACGTCGTCCATGGGGTCGAGATGGGTCAGACATGACTTCGCAACTAACAA---CACCAAAAACT-ATTACAACAGTAACTATGTGAGCACTAGTTACAAGCCACAATACCCGTCAAAATCTAAACTAAAAAAACTCAGAGACATCAAATAAATTTTAAACAACTGAAAGAAAGTATTTTTAAATCCAACTTAATGCATTGGCGTTCTGAATAAATGCCTGCAAAGAACCTGTTTT?????GCCAAGCATTCAACATAGCAACATATGCTACTGAAACACAGCCATTTGACAGCATGAACTCAGAACGCAGGTTGCCCACCTTGCTCTAAAAAAATAGCAATATAAAATTCCCTCTTAAAAAGTACCATCATT-AAAAGTACAGGATCTGTGAGCAGAGGAGAACCTGCACTTACTGGAGCTGCGGTACAATCCCGGAGCTTTCGGAAGCAGGGGTGGCAGGCGTTATAGGAGTCATGGGAGCTCGTGTCCAGAACATGAAAAGACCCCCAAACTGGGTGTCCCCAGGCAACGGTGGTATCCCTGCTAATTCCTTCAACCCGGAAGTGCCTCGGTGCTTCTGAGACGAGCACAGTGCAATGGTAGCACRGTCAAGCTTTGAGAAGAAAATTCGGTGGCTA-TTGCAGTCTAGGGCAGAGGTCTCCAAACTTGGCAATTTAAGGACTTGTGGACTTCAACTCCCAGAATTCCTCAGCCAGCCTCGTCCCGCCGAGGAATTCTGGGAGTTG-AAGTCCAGAAAGTTTTCAAAGTTTGGGGGGATGTGAGCTCAGATGACATCAAGCCAGGAATCTCATGAAGCTGCTCACACACAATATCATCACAACAGCTGGAGAGTCAGATGATAAGACACCATTTCCAAGCCCTCAAACTTTGCTACTAGAGAGAAGAGCAGAATAAAGAAGCTCAATGAGGCTCCTTCCCAAGCAAGGGAGGAACTAACTTAATTAAAGTTAGCTGACTGCAGCCTGATTTAAGATGCCACTTTTTTGTTTTGCTCTTAAGTTGATCGACGGTCTGCTTGAGACAACTGTGCTGCTCTTTCATCCGTTGTTTGTCTCTTGAATTCCTGGGTCTGAAGGTCAAAGGCATCTCTCAGCTGCTTAACCTGAAGATGGAGACCATCACTGGCCGCCGAGAGATAGCCCAGGGATATTCACTGTAGGGCCGTTTTTTCCCTGTTGCTGACCTGTCTGAAGAAATGGAGAGACACAGTCACATCCTCCCTCCGTTCAGGGGCCTTCTGATTGGGC-AATTGTGAACCTCCTGGCCTGTGACTTTTGATAGTTCTGACTTTACTAACCCAGATTTAAGGAAAAGTAAAGGATAATAGTAACTGGGTTTTCCCGCAACAACACAACAGATATCCACACAAATTTTGTATCGTAAAAGTTTTGTTGCTTTCCCCCCAGTCATCACAATGATGAGCTTTTAATCTGTATTTTAGTAAGTGCTAAATACACATAAACTCACATCAAGTTCTTGCTTAGATTCAACAATTTCAAACAAAAGTCTTTTAATCAGTGTAGTCAGTTTTGCCATCTCAGCGAATTCTATCAAATTCACTATCTTTCAATGCAGGAATTTGTAAGACTTTCCATCTGTGTTCATGCGAAAGTCTCGCTGCTGTTGTCATATAAGGAAACAAAATCCCATGTTTTCTTTCAATCTATTCATCTGTCAAGCCTAATTTTACTCAAAGCACAAAATAAATGTTGCAAGATTGGTGTTGCTTTTTTAAAAGGAAGTATGCACTAATGCTCTGAAATATAATCTGCAAACTATGTTTAGAAGGTCAAGCAACTGGCACAACTAGTGAGGAATTCCAATTATCTCTCACTTACTTAACCCC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sca39PENN1  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sced27NM2   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TTGACAGGGCTAATCCAACTTCTTGCATCTGCCAATACAATTTGTTTATAAAGATATCCACTTAAATGCATACCTTTTCCAATCAACTTATAACCTTATTACGTTCACTGAATACAATGACATAGCTATGTAACAATTACCTTTCTAGTTATACTTCTCCAATACTCCCCCCATGCATTTACTTAATTTCTTTTTTAGGTCTACAAAATCCACTCTATGCAATTTGTCATAACTATAGTACATTAAGATAAAATGCCAAATAAGGTTTCATCAGCAAAACTAAAATTTTATTCTTCAAACATTCCATCAACAACAAGGTCTTACAGGTAATGGCTTTCAAAATCACTTGGCAGATTCTTTAACTCTTAGTTTTTAAATGTCTGCTTTTTACTTTGCGTATATAGCAGCTTTGGATATAAAAGTAAAAACTTTCTTTTTCTAATAAAATTGCTCCAGTTGTCAGCTTTGTACAGTGGTGGATTGGTGGAATCTTCGAATTGGGAAATAAGGTTTCAGGATTAGACTTAACTTTGACATGCATTTTTAGACTGCTCAGAAAAACATGAGTACCAAGGACCCCAGTATGGGGGTCCTTGGTGCTCTCTCTACTTGGTTGTTTCATTACCCAAGCTAGGTAACATCATCAGTGCTAATAAGGAGTGGAGTTTACTCTCAGATTATATTCTAGTGCAGGGGGCTCCAACCCCCGGTCCGTGGACCAGTACTAGGCTGCAGCATGCCATTAACCGGTCCACATAAACAAAGCCCCATCCATGGGAAGCA---------------------CTCTCCGGTCCACAGAAAAATCTTTCTCCATAGAATTGGTCCCTGGTGCCCAAAAGGTTGGGGACCTCTGTTCTAGTGACTTGTCCTGCCAGCATGGATAGGAATGGTCTCGGAGGTTCTTTGGATGGGTTGTTTACTATTAGCTTCTTTGGCAGTTCATTGATTGGCGTATGTTATTTACTTCTTGATGTTAAACTTGCTATTAATCTATGCTTATCTGGATATTGACTGCTGTTGAGGAGGTATTTGGGGGATTTGTTATTCCCTTTTTGGCTTGCTGATTATCTCCTTTGCACCATATGTAGATGTTGTCTATGCCTGTGTGTCTGTCCTACTGCTGTGACACACATAACAAAAATAATAGAAACATTCTAGTTTTGGCTTCTTTGATTTGAGATGTTGCACTTTTAAATATCTGTATTTCCCATTAAGTTGGATTCATTTAATATTTACTGTGCCTGAAACCTTCTTAAACC-CAAACAAAGCAATGTGATGTATTGCTTTAACATAATTTTTATATATGGAATAGCAAATTCAGAAACAGTTATATTTTATCCAGATAAGGTTACTTTTTTTAATTGATTTAGCTGCTCTAGGAGATCAGTTGTCCCCAAAATGAATACTAGATACTCATAATTTTACTTTTTGGCTACCCTTTATAATCTTTTCCAGATAGAAAAGCAACACTATACACCTCTAATGGAGAGCTAGAATGGTAATGGTATTGGATTAAAATCAAACAGACTGAGATTCAAGTCCAT----------------------CTCAACCATG---------------GT-------AACTCA---------------------------CTAGATAAATTTCAATCAGTCACTTTTTCACAACCTAATTTGTTCCATACATGGAACGGAGGAAAGAATACTTTTCATCCCATCATGAGTTCCCACAGGAAAAATGGGATAAAAATTGGAGAAATCATATGAATTTCAGTAATGAATTTCACTGAGTTCAACAGAGCTTATTCATAAGGAACTATCGGAAAAAAAATTACCCCCAAATCCTCTGTAGGAGGATGATTTGCAAATATATTTCAAAAACGTTTTGCAGGTGCTATATAAAACTATAAAGTTAAATTTGGAGCCACACTAAAAAACAGCAGGTTGTTGCTTGAGCGAGCAAAAGAACTTGATTTACATATTATTGGAGTCAGGTAAGTAAAAAAAAA-----ATGGAAAGATGCTCCTATTTCTTTCTGTTAGCTTCATTTTAAAAATGGCTAAACTCTACCCAATTTTCCCCCCAAGTTTCCATGTTGGAAGTGGATGTACAGATCCTGAGTCTTTTGTGCAAGCCATTTCTGATGCACGTTGCGTTTTCGATATGGGGGTAAGTACAATCTAAGCACTTATCTAATTTATTTGAGCATTAATAAGATTCTTGGGAAGTTTCTACTTCATTGTTGAATGCAAAGTATTAAAATATAATTAGTATTCTTTATGAATCAATTAGACTGATATCTTGAATTAGTTAAATATCTTGTTTAAAACAACAATTTTTATAATTGCTTAGTTAACAAGTCCTTTTGGTATTTATGGAGGCATTGGTACACAAAGGTAATAAAATTGACTGGTGCCTTAGGAACATTATTGTGTTGATGGCATCGGGCTCCCAGCGTCCTGTCTGGACGTTGAGATGGAGAACCAGTTTTCCACAAAACATGGCCACTTGGGGGGTCCCCAGGGTGGGCCCAAGGGATGCCCCTATTCCCTGAAAGCACAAAAAGAGGGGGAAA-GATTAGTCGACATGTCTGGCAAAATGCCAAGCAGATTATGGCTGGGATAGGACCACAGCCAAGGTGACATTCATGGGGCATCATCTGTCACGCAAGGTTCTTCCACTT-AGCAAATTCCCCCTGTCTTCATCTAATGATTTCACGTATTTCACTTTCACTGTATGCTTTTATCTATTTTTCAAAAGGTTGCAAGGTTTACTCAAGTGTGCTGTCTATTTTTGTCTGTATAATGCATATGACTGTACTTTTTTGATAGCTTCTTGGCAAGAAACAAAACATAGTTGAGACACAGTTCTATAGCAAAATCACTGAATATGACTTTGCCTTAATTAAATGGAATTTAGGCTAGAAGACCACAATGACAGCACTAATATTTAGAGCAGCCTTTCTCAATCTTTCTTCAGGGTTTTTGCTCCCCAGTAAATCTGTCTTTTATTTAACACACATTGACACTAGGACTGAAACCAGATATTTTATAACTTACCCTAAAAGGCAAGAATTCTATAAATTCCTAGCATCTCTCATCATTAGCTGAATCGAGTCTGATATCCAAAACATCTGGAGGGCACTCCCTTATCTCTTGTAAGTTCTGAAAGCTATACAAGGATAACATACATTGGGGATTTGTGGAAGCACAGGAATTAAATATTGCTCTCTGTAACAGCAATTTAGAGAAGCAGTTACATTTCTTCTTGTCATTCCAGTTGCCTTTACACTGAACTCTGGTTGAAATGATTCTTGTTGAATACAGCAAATATTGATTGGGTTGTTTGACCCTAAGGTTGACAGAAGCCAGCAGATAGTGGTTACAGCTCTTCATCCGGTAGCGCTTATCGCTTGTAAACCCAAAAGGGGTTTTTTGCACT
	;
end;

begin mrbayes;
	set autoclose=yes nowarn=yes;
	outgroup 1;
	charset ATP = 1-665;
	charset CBA = 666-1190;
	charset CL11 = 1191-1610;
	charset CL51A = 1611-1870;
	charset GAPD = 1871-2130;
	charset LAM = 2131-2814;
	charset TBP = 2815-3610;
	charset aclone = 3611-3906;
	charset cl1f = 3907-4126;
	charset cl25 = 4127-4388;
	charset cl31 = 4389-4644;
	charset cl61 = 4645-4838;
	charset ef = 4839-5285;
	charset est2a1 = 5286-6134;
	charset fgb = 6135-6932;
	charset od = 6933-7454;
	charset ausnp4 = 7455-7721;
	charset cl41 = 7722-7995;
	charset cl63 = 7996-8466;
	partition bylocus = 19:ATP,CBA,CL11,CL51A,GAPD,LAM,TBP,aclone,cl1f,cl25,cl31,cl61,ef,est2a1,fgb,od,ausnp4,cl41,cl63;
	set partition = bylocus;
	taxset Scat=5-22;
	taxset Sced=23-30;
	taxset Scter=31-40;
	taxset Smi=43-48;
	taxset Smc=41-42;
	taxset Sms=49-52;
	taxset Ac=1-4;
	lset applyto=(all) nst=2 rates=propinv;
	lset applyto=(1) ploidy=haploid;
	prset thetapr=invgamma(3,0.003) GeneMuPr=uniform(0.5,1.5) BEST=1 propTemp=0.1;
	unlink topology=(all) brlens=(all)  genemu=(all) shape=(all)
			Statefreq=(all) tratio=(all) revmat=(all) pinvar=(all) ;
	mcmcp ngen= 500000000 nruns=2 printfreq=100000  samplefreq=100000
			nchains=8 diagnfreq=100000;
	mcmc;
end;

begin sets;
	charpartition loci = ATP:1-665,
	                     CBA:666-1190,
	                     CL11:1191-1610,
	                     CL51A:1611-1870,
	                     GAPD:1871-2130,
	                     LAM:2131-2814,
	                     TBP:2815-3610,
	                     aclone:3611-3906,
	                     cl1f:3907-4126,
	                     cl25:4127-4388,
	                     cl31:4389-4644,
	                     cl61:4645-4838,
	                     ef:4839-5285,
	                     est2a1:5286-6134,
	                     fgb:6135-6932,
	                     od:6933-7454,
	                     ausnp4:7455-7721,
	                     cl41:7722-7995,
	                     cl63:7996-8466;
end;

[ The taxpartition defined below assigns each of the snake samples to the appropriate species. ]
begin sets;
	taxpartition snakespecies =
		Agkistrodon     : 1-4,
		S.c._catenatus  : 5-22,
		S.c._edwardsii  : 23-30,
		S.c._tergeminus : 31-40,
		S.m._miliarius  : 41-42,
		S.m._barbouri   : 43-48,
		S.m._streckeri  : 49-52;
end;

begin paup;
	outgroup snakespecies.Agkistrodon;
	set outroot=monophyl;
	taxcolor green      snakespecies.S.c._catenatus;
	[taxcolor (1 .7 1)      snakespecies.S.c._catenatus;]
	taxcolor dkgreen    snakespecies.S.m._miliarius;
	taxcolor turquoise  snakespecies.S.m._barbouri;
	taxcolor orange     snakespecies.S.m._streckeri;
	taxcolor red        snakespecies.S.c._edwardsii;
	taxcolor blue       snakespecies.S.c._tergeminus;
	taxcolor black      snakespecies.Agkistrodon;
SVDQuartets nquartets=20000 speciesTree partition=snakespecies seed=1234568 bootstrap;
SVDQuartets nquartets=20000 speciesTree partition=snakespecies seed=1234568 showScores=yes;
log stop;
quit;  
end;