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	PREQUAL v.1.02  by Simon Whelan
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There are 1377 sequences of max length 1895
Prepping pairHMM ... done
Collecting subset of posterior probabilities based on closest 10 sequences determined by Kmers
	This may take time for larger data sets:

Creating collection sets of PPs based on Kmer distances

/ 1 / 1377
- 2 / 1377
\ 3 / 1377
| 4 / 1377
/ 5 / 1377
- 6 / 1377
\ 7 / 1377
| 8 / 1377
/ 9 / 1377
- 10 / 1377
\ 11 / 1377
| 12 / 1377
/ 13 / 1377
- 14 / 1377
\ 15 / 1377
| 16 / 1377
/ 17 / 1377
- 18 / 1377
\ 19 / 1377
| 20 / 1377
/ 21 / 1377
- 22 / 1377
\ 23 / 1377
| 24 / 1377
/ 25 / 1377
- 26 / 1377
\ 27 / 1377
| 28 / 1377
/ 29 / 1377
- 30 / 1377
\ 31 / 1377
| 32 / 1377
/ 33 / 1377
- 34 / 1377
\ 35 / 1377
| 36 / 1377
/ 37 / 1377
- 38 / 1377
\ 39 / 1377
| 40 / 1377
/ 41 / 1377
- 42 / 1377
\ 43 / 1377
| 44 / 1377
/ 45 / 1377
- 46 / 1377
\ 47 / 1377
| 48 / 1377
/ 49 / 1377
- 50 / 1377
\ 51 / 1377
| 52 / 1377
/ 53 / 1377
- 54 / 1377
\ 55 / 1377
| 56 / 1377
/ 57 / 1377
- 58 / 1377
\ 59 / 1377
| 60 / 1377
/ 61 / 1377
- 62 / 1377
\ 63 / 1377
| 64 / 1377
/ 65 / 1377
- 66 / 1377
\ 67 / 1377
| 68 / 1377
/ 69 / 1377
- 70 / 1377
\ 71 / 1377
| 72 / 1377
/ 73 / 1377
- 74 / 1377
\ 75 / 1377
| 76 / 1377
/ 77 / 1377
- 78 / 1377
\ 79 / 1377
| 80 / 1377
/ 81 / 1377
- 82 / 1377
\ 83 / 1377
| 84 / 1377
/ 85 / 1377
- 86 / 1377
\ 87 / 1377
| 88 / 1377
/ 89 / 1377
- 90 / 1377
\ 91 / 1377
| 92 / 1377
/ 93 / 1377
- 94 / 1377
\ 95 / 1377
| 96 / 1377
/ 97 / 1377
- 98 / 1377
\ 99 / 1377
| 100 / 1377
/ 101 / 1377
- 102 / 1377
\ 103 / 1377
| 104 / 1377
/ 105 / 1377
- 106 / 1377
\ 107 / 1377
| 108 / 1377
/ 109 / 1377
- 110 / 1377
\ 111 / 1377
| 112 / 1377
/ 113 / 1377
- 114 / 1377
\ 115 / 1377
| 116 / 1377
/ 117 / 1377
- 118 / 1377
\ 119 / 1377
| 120 / 1377
/ 121 / 1377
- 122 / 1377
\ 123 / 1377
| 124 / 1377
/ 125 / 1377
- 126 / 1377
\ 127 / 1377
| 128 / 1377
/ 129 / 1377
- 130 / 1377
\ 131 / 1377
| 132 / 1377
/ 133 / 1377
- 134 / 1377
\ 135 / 1377
| 136 / 1377
/ 137 / 1377
- 138 / 1377
\ 139 / 1377
| 140 / 1377
/ 141 / 1377
- 142 / 1377
\ 143 / 1377
| 144 / 1377
/ 145 / 1377
- 146 / 1377
\ 147 / 1377
| 148 / 1377
/ 149 / 1377
- 150 / 1377
\ 151 / 1377
| 152 / 1377
/ 153 / 1377
- 154 / 1377
\ 155 / 1377
| 156 / 1377
/ 157 / 1377
- 158 / 1377
\ 159 / 1377
| 160 / 1377
/ 161 / 1377
- 162 / 1377
\ 163 / 1377
| 164 / 1377
/ 165 / 1377
- 166 / 1377
\ 167 / 1377
| 168 / 1377
/ 169 / 1377
- 170 / 1377
\ 171 / 1377
| 172 / 1377
/ 173 / 1377
- 174 / 1377
\ 175 / 1377
| 176 / 1377
/ 177 / 1377
- 178 / 1377
\ 179 / 1377
| 180 / 1377
/ 181 / 1377
- 182 / 1377
\ 183 / 1377
| 184 / 1377
/ 185 / 1377
- 186 / 1377
\ 187 / 1377
| 188 / 1377
/ 189 / 1377
- 190 / 1377
\ 191 / 1377
| 192 / 1377
/ 193 / 1377
- 194 / 1377
\ 195 / 1377
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/ 197 / 1377
- 198 / 1377
\ 199 / 1377
| 200 / 1377
/ 201 / 1377
- 202 / 1377
\ 203 / 1377
| 204 / 1377
/ 205 / 1377
- 206 / 1377
\ 207 / 1377
| 208 / 1377
/ 209 / 1377
- 210 / 1377
\ 211 / 1377
| 212 / 1377
/ 213 / 1377
- 214 / 1377
\ 215 / 1377
| 216 / 1377
/ 217 / 1377
- 218 / 1377
\ 219 / 1377
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/ 221 / 1377
- 222 / 1377
\ 223 / 1377
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- 226 / 1377
\ 227 / 1377
| 228 / 1377
/ 229 / 1377
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\ 231 / 1377
| 232 / 1377
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\ 247 / 1377
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/ 261 / 1377
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\ 267 / 1377
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\ 279 / 1377
| 280 / 1377
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/ 285 / 1377
- 286 / 1377
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/ 289 / 1377
- 290 / 1377
\ 291 / 1377
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\ 299 / 1377
| 300 / 1377
/ 301 / 1377
- 302 / 1377
\ 303 / 1377
| 304 / 1377
/ 305 / 1377
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- 330 / 1377
\ 331 / 1377
| 332 / 1377
/ 333 / 1377
- 334 / 1377
\ 335 / 1377
| 336 / 1377
/ 337 / 1377
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\ 339 / 1377
| 340 / 1377
/ 341 / 1377
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\ 343 / 1377
| 344 / 1377
/ 345 / 1377
- 346 / 1377
\ 347 / 1377
| 348 / 1377
/ 349 / 1377
- 350 / 1377
\ 351 / 1377
| 352 / 1377
/ 353 / 1377
- 354 / 1377
\ 355 / 1377
| 356 / 1377
/ 357 / 1377
- 358 / 1377
\ 359 / 1377
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/ 361 / 1377
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/ 385 / 1377
- 386 / 1377
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/ 389 / 1377
- 390 / 1377
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/ 393 / 1377
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\ 399 / 1377
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/ 405 / 1377
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\ 411 / 1377
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/ 417 / 1377
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/ 421 / 1377
- 422 / 1377
\ 423 / 1377
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/ 425 / 1377
- 426 / 1377
\ 427 / 1377
| 428 / 1377
/ 429 / 1377
- 430 / 1377
\ 431 / 1377
| 432 / 1377
/ 433 / 1377
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\ 435 / 1377
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/ 437 / 1377
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\ 439 / 1377
| 440 / 1377
/ 441 / 1377
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\ 443 / 1377
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/ 453 / 1377
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/ 457 / 1377
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\ 459 / 1377
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/ 461 / 1377
- 462 / 1377
\ 463 / 1377
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/ 465 / 1377
- 466 / 1377
\ 467 / 1377
| 468 / 1377
/ 469 / 1377
- 470 / 1377
\ 471 / 1377
| 472 / 1377
/ 473 / 1377
- 474 / 1377
\ 475 / 1377
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/ 477 / 1377
- 478 / 1377
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/ 481 / 1377
- 482 / 1377
\ 483 / 1377
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/ 485 / 1377
- 486 / 1377
\ 487 / 1377
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\ 499 / 1377
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/ 501 / 1377
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/ 533 / 1377
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\ 535 / 1377
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/ 541 / 1377
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\ 547 / 1377
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/ 549 / 1377
- 550 / 1377
\ 551 / 1377
| 552 / 1377
/ 553 / 1377
- 554 / 1377
\ 555 / 1377
| 556 / 1377
/ 557 / 1377
- 558 / 1377
\ 559 / 1377
| 560 / 1377
/ 561 / 1377
- 562 / 1377
\ 563 / 1377
| 564 / 1377
/ 565 / 1377
- 566 / 1377
\ 567 / 1377
| 568 / 1377
/ 569 / 1377
- 570 / 1377
\ 571 / 1377
| 572 / 1377
/ 573 / 1377
- 574 / 1377
\ 575 / 1377
| 576 / 1377
/ 577 / 1377
- 578 / 1377
\ 579 / 1377
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/ 581 / 1377
- 582 / 1377
\ 583 / 1377
| 584 / 1377
/ 585 / 1377
- 586 / 1377
\ 587 / 1377
| 588 / 1377
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- 590 / 1377
\ 591 / 1377
| 592 / 1377
/ 593 / 1377
- 594 / 1377
\ 595 / 1377
| 596 / 1377
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- 598 / 1377
\ 599 / 1377
| 600 / 1377
/ 601 / 1377
- 602 / 1377
\ 603 / 1377
| 604 / 1377
/ 605 / 1377
- 606 / 1377
\ 607 / 1377
| 608 / 1377
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- 610 / 1377
\ 611 / 1377
| 612 / 1377
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- 618 / 1377
\ 619 / 1377
| 620 / 1377
/ 621 / 1377
- 622 / 1377
\ 623 / 1377
| 624 / 1377
/ 625 / 1377
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\ 627 / 1377
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Getting posterior probabilities:

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- 1230 / 1377
\ 1231 / 1377
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\ 1239 / 1377
| 1240 / 1377
/ 1241 / 1377
- 1242 / 1377
\ 1243 / 1377
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- 1246 / 1377
\ 1247 / 1377
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- 1250 / 1377
\ 1251 / 1377
| 1252 / 1377
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- 1254 / 1377
\ 1255 / 1377
| 1256 / 1377
/ 1257 / 1377
- 1258 / 1377
\ 1259 / 1377
| 1260 / 1377
/ 1261 / 1377
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/ 1265 / 1377
- 1266 / 1377
\ 1267 / 1377
| 1268 / 1377
/ 1269 / 1377
- 1270 / 1377
\ 1271 / 1377
| 1272 / 1377
/ 1273 / 1377
- 1274 / 1377
\ 1275 / 1377
| 1276 / 1377
/ 1277 / 1377
- 1278 / 1377
\ 1279 / 1377
| 1280 / 1377
/ 1281 / 1377
- 1282 / 1377
\ 1283 / 1377
| 1284 / 1377
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- 1286 / 1377
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- 1290 / 1377
\ 1291 / 1377
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\ 1355 / 1377
| 1356 / 1377
/ 1357 / 1377
- 1358 / 1377
\ 1359 / 1377
| 1360 / 1377
/ 1361 / 1377
- 1362 / 1377
\ 1363 / 1377
| 1364 / 1377
/ 1365 / 1377
- 1366 / 1377
\ 1367 / 1377
| 1368 / 1377
/ 1369 / 1377
- 1370 / 1377
\ 1371 / 1377
| 1372 / 1377
/ 1373 / 1377
- 1374 / 1377
\ 1375 / 1377
| 1376 / 1377
/ 1377 / 1377
 ... Done Get Posteriors

Performing filtering:
	Applying standard threshold 0.994 resulting in 59862 residues removed
	Extending filtered regions with width of 5  ... 242 additional regions removed
	Applying front/back trimming for runs of 3 resulting in 539 sections removed

Outputting results: 
	Doing detailed output to infile.txt.detail ... done
	Outputting filtered amino acid sequences to infile.txtclosest

Computation complete

===================== Summary ======================
                  Original    Filtered   %Retained
#Sequences            1377        1375        99.9%
#Residues           510894      450485        88.2%

Analysis may have some problems. Warnings output to infile.txt.warning

Filtering complete!